À l'origine nommée Prix de la BD Fnac, cette récompense a été créée en 2013, à l'initiative de la chaine de grandes surfaces spécialisées, qui souhaitait alors se doter de sa propre distinction destinée au 9e art. À partir de 2019, elle se renomme Prix BD Fnac France Inter, marquant un partenariat avec la radio publique.
À partir d'une sélection d'une vingtaine d'albums, réalisée par les libraires de la Fnac et les équipes éditoriales de France Inter, un jury grand public de 35 personnes, réunissant 30 amateurs de bande dessinée et 5 membres du Pass Culture.
Ceux-ci ont pour mission de lire, évaluer et noter l’intégralité de la sélection afin de déterminer les albums finalistes. Une commission finale, présidée par Rebecca Manzoni et réunissant journalistes de France Inter et libraires de la Fnac, désigne finalement l’album lauréat.
À travers cette initiative, la Fnac et France Inter affirment leur rôle de prescripteurs culturels et défricheurs de talents. Leur ambition est de populariser la bande dessinée, tout en soutenant activement la création artistique. Chaque année, ce prix contribue à mettre en lumière des auteurs confirmés comme de nouvelles voix, et à donner au grand public un accès privilégié à des œuvres fortes et singulières.
Au cours de son histoire, le Prix BD Fnac France Inter a notamment salué L'Âge d'or, de Cyril Pedrosa, avec Roxanne Moreil (Dupuis), en 2019, In waves de AJ Dungo (traduction de Basile Béguerie, lettrage de Jean-François Rey) (Casterman), en 2020, ou encore Les Guerres de Lucas de Laurent Hopman et Renaud Roche (Deman éditions), en 2024.